Ngoài ra, Tiền lệ phí cấp giấy phép sử dụng tần số vô tuyến điện và phí sử dụng tần số vô tuyến điện tại Thông tư này là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước; Cục Tần số vô tuyến điện có trách nhiệm nộp 100% (một trăm phần trăm) tổng số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.; Cục Tần số vô tuyến điện được trích 60% (sáu mươi phần trăm) số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho việc quản lý và thu phí theo chế độ quy định tại Thông tư số 97/2009/TT-BTC ngày 20/5/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ tài chính đối với Cục Tần số vô tuyến điện; Cục Tần số vô tuyến điện có trách nhiệm kê khai, nộp và quyết toán 40% (bốn mươi phần trăm) số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành; Tỷ lệ quy định nêu trên áp dụng đến hết ngày 31/12/2014. Cục Tần số vô tuyến điện có trách nhiệm đánh giá tình hình thực hiện thu – chi của đơn vị, đề xuất với Bộ Tài chính xem xét sửa đổi tỷ lệ để lại cho phù hợp với thực tế.